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南京医学会于2007年12月27日出具了医疗事故鉴定书，结论是“本病例不属于医疗事故”。
鉴定书中，专家组分析意见认为，根据临床资料及现场调查分析，患者有生长发育迟缓病史，并存在智力发育障碍、言语障碍、双足第四趾畸形，目前临床不能排除Turner综合征。但鉴定书中称，目前患儿染色体检测报告存在差异，建议医患双方共同至国内权威机构为患儿进行染色体检查(皮肤成纤维细胞培养)。另外，患儿存在矮小症状，具有使用生长激素的指征。同时鉴定报告指出，该患儿生长激素的使用与性早熟的发生无因果关系。医疗事故鉴定的结论是“本病例不属于医疗事故”。
南京医学会卞主任表示，如果魏女士对鉴定结论不服，可以向省医学会提出医学鉴定。但他也承认，就现有的情况来说，省里的鉴定恐怕也不能肯定到底是上海的检测报告对，还是南京市儿童医院的检测报告对。
昨天下午，南京市儿童医院有关院领导接受记者电话采访时称，关于婷婷的事情，通过南京医学会的医疗事故鉴定，该院是没有一点责任的。婷婷患的病不是常见病，是个非常少有的罕见病。婷婷的家人对该院的染色体诊断结果提出质疑，这不是三言两语就可以解释清楚的，“这不是一个简单的医学问题，而是很深奥也很复杂的医学问题。这个存在染色体有变异在里面，一般老百姓是理解不了的，有的医院也是理解不了的。”
这位领导表示，该院对婷婷的诊断结果是负责任的，如婷婷的家人对南京医学会的医疗事故鉴定结果不服，认为该院的诊断存在过错，可以通过打医疗官司来解决处理，一级一级去申请做鉴定。“对市里的鉴定结果不服，可以到省里去，省里也不行，那就到国家去鉴定。”
魏女士拿着上海新华医院出具的报告赶到南京市儿童医院。2007年6月，儿童医院的石医生建议，再做一次染色体检查。
魏女士说，一周后，儿童医院的报告出来了。让她诧异的是，该报告与当年的报告有所不同：当年正常的和不正常的染色体比例是7：1，而这次化验结果是9：1，只发现一个不正常的染色体。
“南京市儿童医院坚持婷婷染色体异常，这跟上海新华医院的检查报告完全相反。”魏女士说，给婷婷做化验的李医生坚持自己的观点，并称如不相信该诊断结果，可以再到上海仔细检查。而且，石医生也不愿意采纳上海新华医院的染色体报告，坚持婷婷是Turner综合征，“不过，她又建议我带婷婷到上海瑞金医院再看一看。 ”
魏女士说：“1999年第一次染色体检查，正常的和不正常的比例是7：1，2007年第二次只发现一个不正常的染色体，前后明显不一样。这是怎么回事呢？”
魏女士找到儿童医院遗传室两次为婷婷做检测的李医生，李医生坚称，自己的确观察到了不正常的染色体，“虽然两次检查比例不一样，但都是有不正常的染色体。”至于上海两家医院出具的报告，李医生不愿评价。
