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一项总额高达114亿元的公共卫生医疗救治项目采购，应该由发改委负责监管，还是财政部监管？因为《政府采购法》与《招标投标法》及其它一些法律法规的重叠，政府部门之间的责任权力到底应如何清晰地划分？—这些问题籍由“政府采购第一案”二审被抛了出来，但尚无定论。
认定事实错误？
财政部认为，一审法院认定事实错误。其一，现代沃尔公司投诉的项目，是国家医疗救治体系项目的一个组成部分，属于国家重大建设项目。对此类项目招标投标活动的投诉，依照《 招标投标法》、《关于国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》(下称“《意见》”)和《国家重大建设项目招标投标监督暂行办法》(下称“《办法》”)的明确规定，应由国家发改委受理并作出处理决定，并非如一审判决认定的“属于财政部的监督管理权限范围”。
财政部还强调，“每年数千亿的采购资金均按上述模式分别管理，而一审判决否定了这一模式，将严重影响行政管理工作。”
其二，基于上述《意见》和《办法》，财政部在接到现代沃尔公司投诉后，经过联席会议研究将投诉材料转给发改委处理，属于正确履行法定职责。同时，财政部也将投诉移交结果转告了现代沃尔公司，履行了告知义务。所以，财政部对现代沃尔公司的投诉事项进行了积极处理，并非如一审判决认定的“未履行法定职责”。
对此，现代沃尔公司的代理人、北京市辽海律师事务所高级律师谷辽海反驳称，财政部笼统地认为本案争议的采购对象属于重大项目，但究竟什么是重大项目呢？财政部并没有提供事实材料和法律依据进行证明。而我国《政府采购法》却明确规定，各级财政部门对货物、工程和服务的政府采购活动负有法定的监管职责，其中什么是货物，什么是工程，什么是服务均有明确的界定，不存在任何争议。“财政部援引的相关部门规定显然不能与《政府采购法》进行抗辩。”谷辽海说。
至于财政部称其将原告的投诉转交发改委处理，且已将该情况告知原告，已履行了法定职责的答辩理由，谷辽海认为财政部并没有在法定的举证期限内向法院提供相应的证据材料。
适用法律错误？
财政部还认为，一审判决适用法律错误，本案应适用《政府采购法》 第十三条第二款和第六十七条规定及《 招标投标法》、《意见》和《办法》。
《政府采购法》第十三条虽然规定，财政部门是监督管理部门，但该条第二款明确“各级人民政府其他有关部门依法履行与政府采购活动有关的监督管理职责”；同时在第六十七条中也明确“依照法律、行政法规的规定对政府采购负有行政监督职责的政府有关部门，应当按照其职责分工，加强对政府采购活动的监督”。
